يوجد في مدينة بيت لحم مستشفى حكومي واحد تابع لوزارة الصحة وهو مستشفى محمد سعيد كمال للأمراض النفسية، بالإضافة إلى وجود ثلاثة مستشفيات خاصة هي مستشفى العائلة المقدسة، ومستشفى الكاريتاس للأطفال، ومستشفى الدبس للولادة.
يوجد العديد من الجمعيات الخيرية والمؤسسات الطبية والعيادات الصحية الخاصة، مختصة في مجال الرعاية الصحية والتنمية الاجتماعية. بالإضافة إلى العديد من المختبرات، ومراكز الأشعة، والعيادات الطبية العامة والمختصة، وصيدليات.